Caractérisation moléculaire des virus sauvages de la maladie de gumboro

Abstract

Les épisodes cliniques de la maladie de Gumboro continuent à sévir sur des bandes de poulets correctement vaccinés. Ces échecs de vaccination sont probablement en rapport avec une hausse sensible de la pathogénicité des virus circulants. Cinq isolats sauvages, prélevés dans des foyers de la maladie dans le Nord-Est Algérien, ont été caractérisés. Grâce à un couple d’amorces, choisi dans une région bien conservée du génome viral, un fragment d’ADNc de 743 pb du gène codant la région hypervariable de VP2, a été obtenu et amplifié en une seule étape dans une réaction rt-PCR, puis séquencé, avant de subir une analyse phylogénétique incluant des séquences de souches de référence disponibles dans GenBank. Les résidus 253(H), 279(N), 284(T) et 330(R), caractéristiques des souches atténuées, étaient absents chez les cinq isolats de l’étude. Au contraire, les résidus 222(A), 256(I) et 294(I), considérés comme spécifiques du pathotype hypervirulent, étaient présents chez les cinq isolats qui ont également exhibé le site de restriction SspI, mais à une position différente de celle exclusivement observée chez les virus hypervirulents. Les isolats Algériens et les virus hypervirulents étaient monophylétiques et se sont partagés jusqu’à 98.53% de nucléotides et 100% d'acide aminés. A l'intérieur du cluster des virus hautement pathogenes, les souches Algériennes se sont regroupées dans une branche séparée et ont montré pas plus de 0.4% de divergence d'acide aminés. Cette faible diversité parmi les 5 isolats caractérisés était prévisible vu la courte période et la zone géographique trop circonscrite des prélèvements. La présente étude est la première à avoir révélé le caractère hypervirulent des virus Gumboro circulant en Algérie. Des enquêtes futures seront nécessaires pour suivre l’évolution de ces virus. Clinical outbreaks of Infectious Bursal Disease (IBD) continue to be reported in correctly vaccinated flocks. These vaccination failures are probably related to a significant increase in virus virulence. Five wild Infectious Bursal Disease viruses (IBDV), originating from outbreaks recorded in North-East of Algeria, were characterized. Using a pair of primers selected from a well-conserved region in a viral genome encoding the hypervariable region of VP2, one cDNA fragment of 743 bp was reverse-transcribed and amplified in one step rt-PCR. The five fragments were subjected to sequence and phylogenetic analysis including some reference strains available in GenBank. The four residues 253(H), 279(N), 284(T) and 330(R), characteristic of attenuated strains, were absent in all studied isolates. On the contrary, the residues 222(A), 256(I) and 294(I), which indicate the genetic fingerprint of the very virulent pathotype, were present in the five studied viruses, which also exhibited the SspI restriction site but at a different position from that exclusively observed in very virulent Infectious bursal disease viruses (vvIBDV). The Algerian strains shared with the vvIBDV up to 98.5% of nucleotides and up to 100% of amino acids and clustered with them in the phylogenetic consensus tree. Inside the vvIBDV clade, the five Algerian strains grouped in a separate branch and showed between themselves no more than 0.4% of amino acid divergence. This poor antigenic diversity was expected given the short period and the circumscribed region of sampling. This was the first report of vvIBDV in Algeria. Further investigations are needed in the future to track the evolution of these viruses. لا تزال الحالات السريرية لمرض الجمبورو تظهر بين قطعان الدجاج حتى تلك الملقحة بصفة جيدة. يرجح ان يكون لفشل عمليات التلقيح علاقة مباشرة بزيادة فوعة الفيروس الحقلي. سمحت هذه الدراسة بتحديد الخصائص الجزيئة لخمس فيروسات حقلية تم جمعها من داخل بؤر المرض في مناطق عدة من شمال شرق الجزائر. باستعمال زوج من الممهدات (primers)، اختيرت في منطقة جد محفوظة من مجين الفيروس، تم بطريقة النسخ العكسي، الحصول على قطعة من 743 زوج قاعدي للحمض النووي المكمل cDNA ثم تضخيم هذا الاخير بتقنية PCR. بعد الحصول على التسلسل الجيني لقطعة cDNA، تم دراستها بالمقارنة مع التسلسلات الجينية لفيروسات مرجعية متوفرة في بنك الجينات GenBank. غابت لدى الفيروسات الخمس المدروسة، الاحماض الامينية 284 (T)، 279 (N)، 253 (H) و 330 (R)، التي تميز عادة العترات المضعفة. في المقابل حازت الفيروسات الخمس على موقع انشطار الانزيم Sspl و الاحماض الامينية 294 (I)، 256 (I)، 222 (A)، التي تميز حصريا الفيروسات شديدة الضراوة، مع اختلاف في موضع انقسام الانزيم على التسلسل الجيني. بينت دراسة النشوء و التطور (Phylogenic Analysis) قوة رابط الانتماء بين مجموعة الفيروسات المدروسة و مجموعة الفيروسات المرجعية ذات الفوعة العالية. اظهرت كلتا المجموعتين توافق جيني وصل الى 98.53%، فيما بينها، تقاسمت العترات الخمس نسبة تصل الى 65.99% من النيكلوتيدات و 100% من الاحماض الامينية. كان هذا التنوع الضعيف بين العترات منتظرا بالنظر الى قصر المدة و صغر المنطقة الجغرافية المخصصتين لجمع العينات. اثبتت هذه الدراسة و لاول مرة شدة ضراوة الفيروسات المنتشرة في الجزائر لكن من الضروري اجراء تحريات مستقبلية لتتبع تطور هذه الفيروسات.