Etude de la prévalence et de l’antibiorésistance de Staphylococcus aureus et Staphylococcus pseudintermediu chez les chiens .

Abstract

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un problème de santé publique urgent. Staphylococcus aureus (SA) et Staphylococcus pseudintermedius (SP) sont des espèces bactériennes cliniquement significatives chez les humains et les animaux, respectivement, présentant des risques de transmission zoonotique et des tendances RAM croissantes, telles que la résistance à la méthicilline (SARM/SPRM). Il existe peu de données sur la prévalence, les schémas de résistance et les caractéristiques génétiques de ces bactéries chez les chiens et leurs propriétaires en Algérie. Cette étude visait à déterminer la prévalence et les profils RAM des SA et SP isolés chez des chiens sains et leurs propriétaires en Algérie, et à caractériser moléculairement des isolats sélectionnés, en particulier le SARM, afin d'évaluer les risques zoonotiques potentiels et les relations génétiques. Cette étude visait à déterminer la prévalence et les profils de résistance à la méthicilline des SA et SP isolés chez des chiens sains et leurs ropriétaires en Algérie, et à caractériser moléculairement des isolats sélectionnés, en particulier le SARM, afin d'évaluer les risques zoonotiques potentiels et les relations génétiques. Un total de 187 écouvillons (149 provenant de 88 chiens ; 38 nasaux de 38 propriétaires) ont été collectés dans quatre régions de l'est de l'Algérie. Les isolats ont été identifiés à l'aide de méthodes phénotypiques (culture, Gram, catalase, coagulase, API Staph 20) et confirmés par PCR spécifique à l'espèce (nuc, pse). Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés par diffusion sur disque (CLSI). La résistance à la méthicilline a été évaluée de manière phénotypique (céfoxitine/céfovecine) et génotypique (PCR mecA). Le séquençage du génome entier (SGC) a été réalisé sur six isolats de SARM (un par chien positif) et sur un isolat représentatif de SASM, pour la Typage Moléculaire par Séquence MultiLocus (TMSL), le typage des spa(s), le typage SCCmec et la détection des gènes de résistance/virulence. L'analyse phylogénétique basée sur les polymorphismes de nucléotides simples (PNS) a comparé les isolats de chiens avec les isolats de SARM cliniques humains algériens. Des staphylocoques à coagulase positive (SCoP) ont été isolés chez 51,0 % des chiens et 36,8 % des propriétaires. L'identification moléculaire a confirmé 43 isolats : 26 SA (60,5 %) et 17 SP (39,5 %). La prévalence du portage par les chiens était de 21,6 % pour les SA et de 17,0 % pour les SP. La prévalence du portage par le propriétaire était de 18,4 % pour les SA et de 5,3 % pour les SP. Le SARM (mecA-positif) a été détecté chez 6/88 chiens (prévalence de 6,8 %), Mais il était absent chez les propriétaires (0 %). D'un point de vue phénotypique, 30,8 % (8/26) des isolats de SA étaient résistants à la céfoxitine. Aucune SPRM n'a été détectée (0 %). Des taux de résistance élevés ont été observés pour la pénicilline G (SA : 80,8%, SP : 29,4%) et la tétracycline (SA : 34,6%, SP : 58,8%). Les résistances à la kanamycine (23,1 %), à l'érythromycine (30,8 %), à la lincomycine (7,7 %) et à l'enrofloxacine (3,8 %) étaient significativement plus élevées dans l'SA que dans le SP. Une sensibilité totale (100 %) a été observée pour la gentamicine, la tobramycine, le chloramphénicol, le florfénicol, la tigécycline et le linézolide. Le WGS a identifié des SARM appartenant à ST1 (n=3, t127/t948), ST80 (n=1, t639, PVL+), ST22 (n=1, t845, tst+), et ST7118 (n=1, SLV de ST22, t223, tst+). L'isolat MSSA était ST291 (t2313). Les types de SCCmec étaient IVa(2B) (ST1, ST22, ST7118) et IVc(2B) (ST80). Des gènes MDR (ant (6) -Ia, aph (3’) -III, erm (C), tet (K)) ont été trouvés dans les isolats ST1 et ST80. L'analyse phylogénétique a révélé que les isolats de SARM du chien (ST1, ST80, ST22), tout en appartenant à des lignées également trouvées dans les milieux cliniques humains algériens, formaient des groupes distincts (>10 SNP de différence). Cette étude met en évidence un portage significatif de SA et de SP chez des chiens algériens en bonne santé et leurs propriétaires, les chiens représentant un réservoir de SARM (ST1, ST80, ST22/ST7118), Cette étude représente le premier rapport de clones de SARM ST1 et ST7118 porteur du gene de virulence tst (une variante à locus unique de ST22) chez des chiens algériens en bonne santé. En outre, elle documente la première détection de Staphylococcus pseudintermedius sensible à la méthicilline (SPSM) chez l'homme en Algérie. Notamment, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline SARM (gène mecA positif) n'a pas été détecté parmi les propriétaires de chiens (0%). En dépit de l'existence de lignées majeures communes, les populations de SARM canines et humaines semblent largement distinctes dans cet échantillon, ce qui suggère une transmission clonale récente limitée. Les profils RAM distincts entre SA et SP soulignent la nécessité d'identifier les espèces et d'effectuer des tests de sensibilité. Ces résultats soulignent l'importance d'une approche « One Health » pour la surveillance et le contrôle de la RAM en Algérie.